Ngày 8 tháng 10 năm 2022, bà Trương Mỹ Lan đã bị Cơ quan cảnh sát điều tra (C03) thuộc Bộ Công an khởi tố và bắt giữ để điều tra về tội danh "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản". Ngoài ra, trong đợt bắt giữ còn có Trương Huệ Vân (34 tuổi, Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn quản lý Bất động sản Windsor); Nguyễn Phương Hồng (38 tuổi, Trợ lý tại Công ty cổ phần Tập đoàn Vạn Thịnh Phát); Hồ Bửu Phương (50 tuổi, Nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty cổ phần Chứng khoán Tân Việt, Nguyên Phó Giám đốc phụ trách tài chính Công ty cổ phần Tập đoàn Vạn Thịnh Phát" cũng với tội danh tương tự bà Trương Mỹ Lan.[23][1] Đến hết ngày 19 tháng 12 năm 2022, Bộ Công an đã khởi tố 27 bị an để điều tra 2 vụ án liên quan đến các sai phạm tại Tập đoàn Vạn Thịnh Phát.[23] Sau đó một ngày, công an Thành phố Hồ Chí Minh cũng đã đề nghị Sở Tài nguyên và Môi trường Thành phố rà soát 156 bất động sản liên quan Vạn Thịnh Phát để phục vụ điều tra.[24]

Vào ngày 16 tháng 1 năm 2023, Cơ quan Cảnh sát điều tra C03 thuộc Bộ Công an đã khởi tố, bắt tạm giam ông Nguyễn Cao Trí (53 tuổi) – Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư - Du lịch Sài Gòn Đại Ninh với tội danh "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản". Theo phía cơ quan điều tra, ông Nguyễn Cao Trí đã nhận 40 triệu USD từ bà Trương Mỹ Lan để mua bán các dự án và kinh doanh.[23][25] Ngày 16 tháng 8 năm 2023, trong phiên họp thứ 24 của Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng chống tham nhũng, tiêu cực thì Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam Nguyễn Phú Trọng đã yêu cầu "đẩy nhanh tiến độ, kết thúc điều tra" nhiều vụ án trong đó bao gồm vụ việc xảy ra tại tập đoàn Vạn Thịnh Phát.[26] Trong phiên họp, cũng liệt kê vụ án vào nhóm điều tra, truy tố, xét xử trong năm 2023.[27] Trước khi vụ án được đưa vào xét xử, tổng cộng 86 người bị truy tố bao gồm bà Trương Mỹ Lan, trong số đó có 24 quan chức chính phủ.[8] Trong số 18 thành viên đoàn thanh tra thuộc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, bà Đỗ Thị Nhàn – Trưởng Đoàn thanh tra đã nhận hối lộ từ bà Trương Mỹ Lan 5,2 triệu USD.[19]

Theo công bố trước báo chí, Chánh văn phòng Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, ông Phạm Ngọc Duy cho biết, đã có khoảng 2.500 tập tài liệu được tổng hợp trong 104 thùng hồ sơ nặng khoảng 6 tấn bao gồm 1 triệu bút lục cho vụ án.[19] Vào ngày 16 tháng 2, Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đã ra quyết định ấn định thời gian xét xử vụ án liên quan đến sai phạm tại Vạn Thịnh Phát và Ngân hàng SCB kéo dài từ ngày 5 tháng 3 đến ngày 29 tháng 4. Tổng cộng có 86 người bị truy tố bao gồm bà Trương Mỹ Lan với tội danh "tham ô tài sản, đưa hối lộ" và "vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng". 85 người còn lại bao gồm lãnh đạo cấp cao trong Vạn Thịnh Phát, SCB và cơ quan thanh gia giám sát của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam về tội: "tham ô tài sản, vi phạm quy định về hoạt động ngân hàng, đưa hối lộ, nhận hối lộ, lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".[28]

Theo TAND Thành phố Hồ Chí Minh, phiên tòa sẽ được diễn ra trong hai giai đoạn với giai đoạn 1: "Tập trung điều tra, truy tố, xét xử 86 bị cáo về các tội: Tham ô tài sản, đưa hối lộ, nhận hối lộ; lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ; thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng; lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản; vi phạm quy định về hoạt động ngân hàng, hoạt động khác liên quan đến hoạt động ngân hàng và tội vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng"; và giai đoạn 2: "Điều tra, truy tố, xét xử các sai phạm liên quan đến trái phiếu doanh nghiệp". Phiên tòa giai đoạn 1 được cho là sẽ "làm tiền đề" cho giai đoạn 2.[29]